Әдәбият галиме һәм педагог Якуб Хәлил улы Агишев 1899 елның 28 июлендә элекке Саратов губернасының Кузнецк өязе (хәзерге Пенза өлкәсенең Кузнецк районы) Пәндәлге авылында җитеш тормышлы игенче гаиләсендә туа. Унөч яшенә кадәр үз авылларындагы мәдрәсәдә укып башлангыч белем алгач, 1912 елда әти-әниләре аны авылның бер сәүдәгәр кешесенә малайлыкка бирәләр. Яшүсмер егет шул сәүдәгәр белән бергә төрле шәһәрләрдә була, 1916 елга кадәр аңа йомышчы малай һәм приказчик булып хезмәт итә. 1917–1918 елларда Архангельск шәһәренең приказчиклар клубында һәвәскәр артист булып та эшләп ала. 1915–1918 еллар арасында репетиторлар ярдәме белән урта мәктәп программасы буенча әзерләнеп, экстерн тәртибендә ул Архангельск реаль училищесын тәмамлый.
1919–1925 елларда Я. Агишев туган ягы авылларында балалар укыта. 1926 елда Казанга килеп, Татар телен гамәлгә кертү курсларын тәмамлаганнан соң, өч ел «Татстрах» оешмасында икътисадчы булып эшли. 1930–1933 елларда ул – Казан педагогия институты студенты. Институтны һәм шунда татар әдәбияты буенча аспирантура тәмамлагач, Я.Агишев әүвәл Татарстан халык мәгарифе кадрларының белемен күтәрү институтында татар теле һәм әдәбияты бүлеге мөдире (1934–1937), Казан педагогия училищесы директоры урынбасары (1937–1939), аннары 1939 елның октябреннән 1945 елның маена кадәр Татар теле, әдәбияты һәм тарих фәнни-тикшеренү институтында өлкән фәнни хезмәткәр, гыйльми секретарь, директор урынбасары вазифаларын башкара, ә 1945–1947 елларда Казан театр училищесында укыта. 1946 елда Мәскәүдә Көнчыгыш институтының Гыйльми советы каршында Габдулла Тукай иҗаты буенча диссертация яклап, филология фәннәре кандидаты дигән гыйльми дәрәҗә алгач, 1947–1951 елларда Казан дәүләт педагогия институтында татар әдәбияты кафедрасы мөдире һәм доцент булып эшли. 1951–1960 елларда ул Казан дәүләт университетында укыта.
Матбугатта Я. Агишев Архангельск шәһәрендә яшәгән чорында языша башлый. 1918 елда «Северное жало» дигән журналда аның ике кечкенә новелласы да басылып чыга. Егерменче елларда Пенза шәһәрендә татарча чыга торган «Сабанчы» һәм «Крәстиян» журналы битләрендә авыл тормышына, мәгариф мәсьәләләренә багышланган күп кенә мәкаләләре, очерк язмалары басыла, ә утызынчы-илленче елларда ул татар әдәбиятыннан алтынчы-җиденче-сигезенче сыйныф укучылары өчен хрестоматияләр төзү һәм дәреслекләр язуда актив катнаша.
Гыйльми тикшеренү өлкәсендә Я.Агишев нигездә егерменче йөз башы татар әдәбияты классиклары, аерым алганда, Г.Тукай иҗатын өйрәнүгә күп көч сала. 1942 елда аның «Тукай – патриот» исемле фәнни-популяр очеркы, 1948 һәм 1954 елларда «Габдулла Тукай иҗаты» («Творчество Габдуллы Тукая») исемле монографияләре дөнья күрә. Ул шулай ук Г.Тукай әсәрләренең ике томлык академик басмасын (1947, 1948), ике томлык «Сайланма әсәрләр» җыелмасын (1954), русча бертомлыгын (1958) төзү, аларга кереш сүз һәм искәрмә-аңлатмалар язу эшендә актив катнаша. Я.Агишев 1940 елда ук беренчеләрдән булып матбугатта татар әдәбияты тарихын фәнни нигездә чорларга бүлү мәсьәләсен күтәргән җитди мәкаләләрен бастыра. Болардан тыш аның иҗат мирасында М.Гафуриның публицистикасы, К.Насыйри, Ш.Мөхәммәдев, М.Җәлил турында, «Пушкин һәм татар әдәбияты», «Гоголь һәм татар әдәбияты», «Некрасов һәм Тукай» кебек махсус тикшеренү хезмәтләре дә бар.
Якуб Агишев 1972 елның 6 июнендә Казанда вафат була.